2005年7月18日，上海第二医科大学与上海交通大学合并，组建新的上海交通大学，同时成立上海交通大学医学院。
     上海交通大学第一批本科招生继续采用两个代码，即上海交通大学校本部和上海交通大学医学院，分别列计划，分别录取。根据医学类考生报考的特点，上海交通大学医学院（原上海第二医科大学）2007年继续实行单独招生代码，单列招生计划，单独设定提档分数线，单独录取的方式。

与上海交通大学校本部“大部分继续按院招生，入学时不分具体专业，入学一、二年后再选择专业”不同，由医学院录取的所有专业的学生，均按专业录取和报到，入学后原则上不调整专业。

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